Intrusi air laut merupakan fenomena masuknya air laut ke daratan. Fenomena ini dapat terjadi secara alami, meskipun dapat mendapatkan pengaruh dari aktivitas antropogenik yang ada di wilayah pesisir. Masuknya air lait ke daratan dapat menimbulkan banyak permasalahan, seperti menurunnya kualitas air, terkontaminasinya air minum, hingga rusaknya lahan pertambakan dan persawahan.

Permasalahan mengenai intrusi air laut di Desa Kaliprau menyebabkan hilangnya sejumlah lahan persawahan. Hilangnya area persawahan terjadi karena terjadinya kontaminasi air laut yang masuk ke wilayah persawahan sehingga lahan tersebut tidak bisa lagi ditanami padi oleh masyarakat. Rusaknya lahan persawahan akibat masuknya air laut ini menjadi permasalahan yang cukup besar bagi masyarakat Desa Kaliprau karena menyebabkan hilangnya lahan untuk mencari nafkah bagi sebagian masyarakat. Selain itu, lahan yang sudah terkontaminasi air laut akan sangat sulit untuk kembali ditanami padi atau difungsikan kembali sebagai area persawahan. Meskipun pengembalian fungsi lahan ini dapat dilakukan, akan memerlukan waktu yang lama dan biaya yang cukup tinggi.

Penanganan yang dilakukan oleh pemerintah Desa Kaliprau untuk mengatasi permasalahan ini adalah dengan membuat tanggul pembatas air asin dan air tawar, untuk menahan terjadinya intrusi air laut dan menjaga agar tidak terjadi kontaminasi yang lebih meluas.